2003年11月为进一步落实党的宗教政策，构建社会主义和谐社会，弘扬佛教传统文化，满足佛教信徒的宗教生活需要，经江苏省人民政府批准恢复重建重元寺。2007年11月17日隆重开光。
新修建的重元寺，根据“经典有依据，历史有传承，艺术有创新，方便有特色，功能有感应”的五项原则，做了精心的规划。重现在人们眼前的重元寺占地三百余亩，地处风景秀丽的阳澄湖半岛之中。水上观音院——重元禅院相互呼应，表现出莲花佛国的观音道场特色，万佛庄严的独特风貌。再现了当年重元寺的风采，成就了一个佛、法、僧三宝具足的佛教道场...

重元寺初名重玄寺，始建于梁武帝天监二年(公元503年)，与寒山寺、灵岩寺、保圣寺同时代。梁武帝萧衍以佛化治国。一时上行下效，全国崇佛。住在长洲县衙西北二里处的官员陆僧瓒，因见官宅上空祥云重叠，便立即奏请梁武帝，舍弃自家官宅，改建寺庙，并取名重云寺。梁武帝欣然赐匾表示嘉许，匾额题为“大梁广德重玄寺”。“重云”被误为“重玄”...